H. margaritaceus có phạm vi phân bố rộng rãi ở vùng biển Tây Thái Bình Dương. Loài này được tìm thấy từ miền nam Nhật Bản, trải dài về phía nam đến đảo Lord Howe, bang New South Wales, Úc và rạn san hô Great Barrier, bao gồm các đảo phía đông quần đảo Mã Lai; phía đông bao gồm các đảo thuộc Micronesia, Melanesia và Polynesia; phía tây đến vùng bờ biển Trung và Nam Việt Nam; Nam Thái Lan. Ở Đông Ấn Độ Dương, được tìm thấy tại quần đảo Cocos (Keeling) và phía đông biển Andaman. H. margaritaceus sống xung quanh những rạn san hô hoặc thảm cỏ biển ở vùng đáy biển nhiều đá sỏi, độ sâu khoảng 15 m trở lại[1][2].